Tác dụng phụ thường gặp là táo bón và buồn nôn, nhưng tỷ lệ ngừng thuốc do táo bón thấp đối với cả eluxadoline và giả dược. Tác dụng phụ hiếm gặp: mệt mỏi, viêm phế quản, viêm dạ dày ruột do virus. Tác dụng phụ nặng hiếm gặp bao gồm viêm tụy với tỷ lệ mắc chung là 0,3% - tỷ lệ mắc cao hơn với liều 100 mg (0,3%) so với liều 75 mg (0,2%). Nguy cơ thậm chí còn lớn hơn ở những người không có túi mật và thuốc không được khuyến cáo trong nhóm này.

Vào tháng 3 năm 2017, Cục Quản lý Thực phẩm và Dược phẩm Hoa Kỳ đã ban hành một cảnh báo an toàn đối với eluxadoline liên quan đến việc tăng nguy cơ viêm tụy nặng ở những bệnh nhân không có túi mật.[6] Một đánh giá của FDA cho thấy ở những bệnh nhân như vậy, co thắt cơ vòng Oddi có thể dẫn đến viêm tụy nặng.[7] FDA báo cáo rằng trong một số trường hợp, các triệu chứng xảy ra chỉ với một hoặc hai liều khuyến cáo cho bệnh nhân không có túi mật (75 mg).[7] Trong số hai trường hợp tử vong liên quan đến eluxadoline được báo cáo đến tháng 2 năm 2017, cả hai đều xảy ra ở những bệnh nhân không có túi mật.[6]